Samurai Deeper Kyo utspelar sig fyra år efter slaget vid Sekigahara. Den kvinnliga prisjägaren Yuya Shiina träffar medicinförsäljaren Kyoshiro Mibu, som hon misstar för tusenmannadråparen Demonöga Kyo, vars ögon är röda som blod. Kyoshiro visar sig dock ha Kyo’s själ i sin kropp (alltså två medvetanden i en kropp. Kyo visar sig till slut och samlar snabbt upp ett gäng vänner för att söka efter sin riktiga kropp.
Mangan har även blivit en TV-anime.